Le bleu alcian est utilisé pour mettre en évidence les glycosaminoglycanes des mucines, colorer les amyloïdes et les cystéines, et réaliser une coloration polychromatique des mastocytes selon la méthode bleu alcian-safranine.
Il sert également à identifier les espèces bactériennes et à détecter les capsules bactériennes. Le kit bleu alcian pH 1 permet une coloration et une visualisation optimales des mucines acides sans colorer les mucines sulfatées.
Les solutions de rinçage ont le même pH, ce qui renforce la spécificité de la réaction. Les noyaux cellulaires sont colorés en rouge grâce à une contre-coloration.